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案例一：反向对接确定人参皂苷的潜在靶标

人参皂苷是人参的主要成分，在传统的药物中，人参被认为具有许多疾病的治疗价值。为了验证经验观察到的人参的效果，研究人员利用反向对接方法筛选与特定疾病相关的靶蛋白，大致流程如下：
* x6 K: k+ R4 ^( K. G4 H# R
# z1 X# }; Z1 X8 \, G" N  X药物靶标数据库的构建；
毒性和副作用相关蛋白质靶标的选择；
4 Q* p$ |. h* k$ I; s) W6 x人参皂苷配体小分子和靶标结构的准备；
使用反向对接工具进行反向对接筛选；
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基于对接打分和结合模式分析，研究人员发现人参皂苷的四种潜在靶蛋白，并发现了四个可能与副作用和毒性相关联的蛋白。
7 W+ X9 F- v* H5 d2 E, h
案例二：反向对接确定绿茶有效组分的潜在抗肿瘤靶标

  J" n! j2 m4 b  C% {( D; i绿茶的主要成分如表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）、表没食子儿茶素（EGC）、表儿茶素没食子酸酯（ECG）和表儿茶素（EC））具有广泛的抗肿瘤活性。其靶点的发现在揭示抗肿瘤机制中起重要作用。因此，为了确定茶多酚的潜在靶标蛋白质，研究人员采用了反向对接虚拟筛选药物靶点的方法。

准备茶多酚小分子的三维晶体结构；
( C* Q$ y- j5 n7 mPDTD蛋白数据库筛选出几种具有抗肿瘤作用的临床重要蛋白质作为潜在受体，并做处理；
基于AutoDock进行反向对接筛选；
' x( C" a; @& P! A3 A结果分析筛选，如进一步对接研究结合模式和分子动力学研究作用机制。
基于反向对接结果，研究人员找到了茶多酚的几个潜在靶标，并在此基础上就行分子对接研究结合口袋和结合模式研究，发现了静电相互作用和氢键在茶多酚与靶标结合过程中的重要作用。

以上是MD安德森近期的研究摘录。先人真是聪明，几千年前就知道选择人参和茶叶。